IEPS ¿cómo presentar y declarar este impuesto?

Les agradezco el espacio para las dudas, acabo de entrar a una empresa comercializadora de vinos y licores, inició operaciones en septiembre de 2013, llegué para actualizar todo; es una responsabilidad muy grande porque tengo 21 años, terminé mi carrera en diciembre y aunque tengo dos años de experiencia no me parece suficiente.

El problema es que conozco el IEPS, sólo sé lo más fundamental y lo teórico, el punto es que como saben debo presentar mis declaraciones de éste y sé que debo restar el IEPS Cobrado - el Pagado (misma fórmula que el IVA) pero no sé si es definitivo, yo pienso que sí; sobre todo si sólo entra en mi fórmula lo cobrado y pagado por los vinos o también lo que le pago a Telmex y en gasolineras, además si me pueden proporcionar el fundamento legal, por último ¿cómo presento mi declaración? encontré y descargué del SAT el programa MULTI-IEPS pero no sé si sólo lo presento de esa manera.

Gracias