Saldo a cargo (en contra)

Buen día.

Trabajo en una dependencia federal y al hacer el ejercicio de mi declaración 2017 (sin deducciones), tuve saldo en contra, esto me extrañó porque siempre salgo en ceros. Al revisar en el portal del SAT las facturas emitidas por la dependencia, descubrí que tengo 3 pagos de aguinaldo en lugar de 2 y lo que pasó es que el pago que recibí en enero de 2018 aparece en el SAT hecho en noviembre de 2017, esto subió mis ingresos en noviembre y automáticamente subió mi ISR pero la dependencia no pagó el ISR en exceso y es el saldo que tengo en contra.

¿Cómo se puede corregir este error para que el saldo en contra sea ceros como siempre había sido?

Gracias de antemano por su respuesta.