Pagos en efectivo en nómina

Tengo dudas sobre el artículo de pagos en efectivo, que a la letra dice:

De esta manera, el SAT ha definido que ahora las deducciones de gastos superiores a 2,000 pesos sólo podrán deducirse si no han sido pagadas en efectivo. En caso contrario, se transformará en un gasto no deducible, aunque años anteriores lo hayamos podido descontar de la base impositiva.

El cambio aparece dentro del artículo 27 fracción tres de la Ley del Impuesto Sobre la Renta (ISR), donde se estableció que, para deducir pagos mayores a 2 mil pesos, las personas físicas y morales necesitan contar no sólo con un comprobante fiscal digital por Internet, sino también haber realizado el desembolso con un método distinto del efectivo.

Y luego la Resolución Miscelánea 2015:

Las erogaciones efectuadas por salarios y en general por la prestación de un servicio personal subordinado pagadas en efectivo, podrán ser deducibles, siempre que además de cumplir con todos los requisitos que señalan las disposiciones fiscales para la deducibilidad de dicho concepto, se cumpla con la obligación inherente a la emisión del CFDI correspondiente por concepto de nómina.

Entonces ¿se sigue aplicando el pago en efectivo de cualquier cantidad con solo emitir el CFDI o no?