Ingresos y Egresos en el RIF ¿Cuándo se registran?

Hola, estoy un poco confundida ya que he estado viendo información sobre cómo registrar los ingresos y gastos en Mis Cuentas, y también he visto información donde indica que si facturo en la herramienta de Facturación electrónica del SAT, ya no hace falta registrar mis facturas (Ingresos) en esta herramienta así como también los gastos, se dice que si me facturan por algo que pagué ya no lo debo de ingresar en Mis Cuentas, la verdad estoy muy confundida, ¿me podrían ayudar aclarar ésta confusión?