Declaración de enajenación de inmuebles en RIF

Hola buenas tardes.

Actualmente tributo en el RIF, pero en julio pasado vendí la casa de mi mamá que estaba a mi nombre (era de mi mamá en realidad porque la puso a mi nombre hace años).

La transacción se hizo con un notario que anotó el valor de la casa en 280 mil e hizo el pago de ISR en 3402 pesos que es lo que calculó aunque tenía entendido en casa propia por 3 años no pagas ISR.

Segun veo en los papeles del notario se pagó el ISR a mi nombre pero no le pusieron RFC en el documento.

¿Tengo que hacer declaración anual y declararlo siendo RIF? ¿Y cómo se hace ya que en la página del SAT me metí y me calcula ISR automáticamente y hasta más alto y no me sale en ceros? Siendo que de alguna forma ya se pagó por esto y que tendría que pagar 0 ISR por ser la casa donde nací y viví muchos años.