Declaración bimestral RIF ¿qué montos se declaran?

Buenas noches.

En la presentación bimestral del RIF, en los ingresos y gastos, ¿debemos de indicar la base del impuesto (suma de facturas) o el total de las facturas? tanto en ISR como en el IVA. Y, ¿qué pasa cuando al descargar los CDFI de mis proveedores se encuentra una factura duplicada o triplicada? tengo una tienda de abarrotes.

Saludos