¿Cómo gravan los fletes y gastos adicionales?

Buenas noches.

Si le facturo a una persona moral, sé que el flete lleva 16% de IVA y 4% de retención, pero en los conceptos de pago de maniobras, estadía y pago de fito-sanitaria ¿esos son más IVA del 16% y llevan retención del 4%? ¿son libres de impuestos o solo se paga IVA sin retención del 4%?

Por su atención, gracias.

Yo estoy como persona física.