Acumulación de impuestos por estimaciones de obra

Buenos días, tengo una duda.

Antes facturaba mi anticipo y después mis estimaciones en las cuales restaba mi proporcional de anticipo y mi proporcional de fondo de garantía.

Después facturaba cuando me pagaban el fondo de garantía.

El punto es que en el repositorio del SAT y revisando al parecer dupliqué el ingreso del anticipo y el fondo de garantía.

La empresa a la que le vendo yo le facturo sin IVA, estoy exento por ser cada habitación.

Mi pregunta es, ¿por qué duplique ese ingreso? ¿Cómo lo puedo sacar de mi acumulación que no sea manualmente?

Mil gracias.